ISAlw11
- Family IS5
- Group IS427
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Acinetobacter lwoffii | Acinetobacter lwoffii Acinetobacter lwoffii M2a |
DNA section
IS Length : 857 bp
Ends
IR Length : 16
IRL : GGGTCTGTTGACATTTACTGTTCAAAAAAATAGCGAGAAAGTAAAATTTA
IRR : GGGTCTGTTGACATTTCAAGTATAGAATTTACCCGATAAAGGTAGCCAAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
tatttaaaaaagattagtct | ta | atagtttttgtctttatttg | 2 |
tttaattgatgtgtataact | TA | atattctgagtccattctca | 2 |
cggattaaaaaacaggatat | TA | tttattttctctaagtattt | 2 |
DNA sequence
GGGTCTGTTGACATTTACTGTTCAAAAAAATAGCGAGAAAGTAAAATTTAATCGCCAAACTAAATTTACTTCTCGCTATGCCTCGTACAATGCTGAATGA
TCAACACTGGTCTAAGTTACTTTCTATTTTCCGAAATTTTGATATCTATTTCAAATCTAATTTGAGAAATTTTGTCGAAGCAATACTTTATAGAATAAGA
ACAGGCTGCCCATGGCGTGATTTGCCTAAAGAATTTGGTTCGTATAACTCAATCTTTAAAAAATATAATCGTTGGTGTAAAAATGATAAGTTAATGAAAA
TATTTAAATTAATTTCTTCAAGTGCTGATATGGAATGGGTTTTTATTGATGGTAGTCATGTTCGGGCACACCAACATTCTGCTGGAATAAAAGATCAGGA
TATTTCTAAAAGCATTGGTGGAAATAGTTCTAAAATACACTTAGCTGTTGATGCGGATGGCAATCCAATCGAAATTATTATCTCCGATGGAACGATACAT
GATGTCAAGATTGCTCCCAAAATGATTGAAAAACTTGATTTGAGTGAAACGGAAGTATGTTGTGCAGACAAAGGATATGACTCTGAATCATTAAGAGAAC
AAATATCTGCGAAAAAAACTAAAGCGAATATTCCAAGAAAATCAAATACTCAGTCAAATAATGATCATATGGATTGGTATTTATATAAAATCAGACACTT
AGTTGAGAATGCATTTTGTAGGTTAAAGCAGTTCAGAGGAATAGCAACACGATATGATAAGCTAAAGTGTAGCTATGAGGGGGCAGTTGCATTAGCTTGT
ATATTTATTTGGCTACCTTTATCGGGTAAATTCTATACTTGAAATGTCAACAGACCC
TCAACACTGGTCTAAGTTACTTTCTATTTTCCGAAATTTTGATATCTATTTCAAATCTAATTTGAGAAATTTTGTCGAAGCAATACTTTATAGAATAAGA
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TATTTAAATTAATTTCTTCAAGTGCTGATATGGAATGGGTTTTTATTGATGGTAGTCATGTTCGGGCACACCAACATTCTGCTGGAATAAAAGATCAGGA
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AGTTGAGAATGCATTTTGTAGGTTAAAGCAGTTCAGAGGAATAGCAACACGATATGATAAGCTAAAGTGTAGCTATGAGGGGGCAGTTGCATTAGCTTGT
ATATTTATTTGGCTACCTTTATCGGGTAAATTCTATACTTGAAATGTCAACAGACCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
765 bp | 254 aa | 78 | 842 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPRTMLNDQHWSKLLSIFRNFDIYFKSNLRNFVEAILYRIRTGCPWRDLPKEFGSYNSIFKKYNRWCKNDKLMKIFKLISSSADMEWVFIDGSHVRAHQH
SAGIKDQDISKSIGGNSSKIHLAVDADGNPIEIIISDGTIHDVKIAPKMIEKLDLSETEVCCADKGYDSESLREQISAKKTKANIPRKSNTQSNNDHMDW
YLYKIRHLVENAFCRLKQFRGIATRYDKLKCSYEGAVALACIFIWLPLSGKFYT
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YLYKIRHLVENAFCRLKQFRGIATRYDKLKCSYEGAVALACIFIWLPLSGKFYT
Blast result :
Comments
All IRs found in A. lwoffii M2a genome are flanked by TA.
ISAlw11 is 85% aa similar to ISAbe13.
ISAlw11 is 85% aa similar to ISAbe13.
References
1] Janos Kiss (2019) Direct submission.
2] Alexandra Veress, Tibor Nagy, Tímea Wilk, János Kömüves, Ferenc Olasz & János Kiss. (2020) Sci Rep 10, 2969.
2] Alexandra Veress, Tibor Nagy, Tímea Wilk, János Kömüves, Ferenc Olasz & János Kiss. (2020) Sci Rep 10, 2969.