ISAlw20
- Family IS982
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Acinetobacter lwoffii | Acinetobacter lwoffii Acinetobacter lwoffii M2a Acinetobacter lwoffii ZS207 Acinetobacter sp. ACNIH1 Acinetobacter sp. TTH0-4 |
DNA section
IS Length : 979 bp
Ends
IR Length : 12
IRL : ACCTGAGTTCGACATAAAAAATAAATAAAAAAAAGCCTTAGCATCTGTAA
IRR : ACCTGAGTTCGATGAAATATTTTAGCTTTTTAGCAAGTTTTGGAAAGTTG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ctaatttgaagtcagcgttc | aaatta | tttttattaaaggtttatgg | 6 |
gttttgatccagccggaaaa | taattt | ttctcgatcaaatcaaaaat | 6 |
cttattttttagtatcgtac | tactta | atatttccccactaatacct | 6 |
aattaaaaaacaggataaaa | taatga | ttttatttaactttaagtat | 6 |
aggtgtgtagtacattattc | tatata | gtagaaaaaagaaaattcat | 6 |
ttcggcgtggttttttttat | tattttta | tatattccggacaatatata | 8 |
ttaagctattaaggtaaaagtaatta | tatagatagtaaattccttaacaaaa | 0 | |
TAGCTTCAAAGAATTATTGC | TATTTA | TATAGAAAATCGAGATGAGT | 6 |
GTTTCATTAATTTTTCAATC | TAAATA | ATATAGTTATTGGATCTAGC | 6 |
CTATATAAAAACAGTAATAA | TAAGAA | GTATGTAATTTGACCATTAA | 6 |
AGACCCAACAGGCAAGAAAA | TAAATA | AAAGGCCAATCGGGTTATGT | 6 |
AGGTTATGATTTGATAGAAA | TAATTA | TTAAAAAGAGTGGTCATGAA | 6 |
TGCAAAAGCGAACAAAGATA | TACTTA | ATACAGTGAGTCCAATGAGC | 6 |
TCAAAAAGAATGAAATAGTC | TAAACTA | GCCTTTTTGCACCAAATAAT | 7 |
ACTTGGCTGAATGGGCTTTT | TATGGATA | AATTATTTTTGCAAAAAGGC | 8 |
ATTGATCTTGTTTTTATATT | TATTAA | AATATCTTAGACCTCGTGAT | 6 |
TCAGAGTCTGGATGATGTTT | TAAATA | CTATTGAACAAACCAATTCG | 0 |
DNA sequence
ACCTGAGTTCGACATAAAAAATAAATAAAAAAAAGCCTTAGCATCTGTAATATCTTGGTTACGAAGACAAAACATTTCAGAGCAAGGCTTTTTCATGGAC
TATATTACCGAATTATTTTGTATCTTGGATGATTTCTGCAAAAAGTTTAATGAATCTTTAGAGAAAGCTCTAATTTCTGATCAAAAAACAACAATGAAAA
AGTCAGCTTTAAGCTTGTCTGAAGTCATGACCATTGTCATTTTATTTCATAAATCCGGGTTTAGATTTTTCAAATATTTTTATTGTCATATGATCATCCC
ATTTTGGAAATCAGCTTTTCCCAAGCTTCTTAGTTACAATCGTTTTATTGAAATTATGCCGCGTTGTTTGCAAGCTTTGAGTAGTTTCTTCCATCAAGTT
AAAGGAGAAGATACCGGAATTTGTATTATTGATTCGACTAAATTGGTCGTTTGCCATAATCTTAGAATTAAAAGACATCGTGTATTTAAAGGCTTAGCTG
GTCGTGGTAAAAGTAGCACAGGTTGGTTTTATGGATTTAAAGTCCATATTGTTATCAACAACTTGGGTGAAATTATTAATCTCAAGATTACATCGGGAAG
TGTTCATGATGTTGCTGTACTTGAATCTTTAACCCAAGAGTTAAAAGGTATTTTACTGGGCGATAAAGGCTATCTGAGTAAAGCAAAAACTGAAGCTTTA
GCAGCAAGGGGGCTCAGACTATTAACCCCGTCACGCAAGAATATGAAAAATAAACCCATCCAAACTGAAGAAGAAAAACAATTGCTTTGCAGAAGAGGAT
TGATCGAAACAGTGAATGATCAGTTAAAAAACTTACATCAAATTGACCATTCACGTCATCGTTCGGTGAATAACTTTATGGTGAATATTATGGCTGCTAT
AGTGGCTTATTGCTTAAATCCAAATAAGCCAACTTTCCAAAACTTGCTAAAAAGCTAAAATATTTCATCGAACTCAGGT
TATATTACCGAATTATTTTGTATCTTGGATGATTTCTGCAAAAAGTTTAATGAATCTTTAGAGAAAGCTCTAATTTCTGATCAAAAAACAACAATGAAAA
AGTCAGCTTTAAGCTTGTCTGAAGTCATGACCATTGTCATTTTATTTCATAAATCCGGGTTTAGATTTTTCAAATATTTTTATTGTCATATGATCATCCC
ATTTTGGAAATCAGCTTTTCCCAAGCTTCTTAGTTACAATCGTTTTATTGAAATTATGCCGCGTTGTTTGCAAGCTTTGAGTAGTTTCTTCCATCAAGTT
AAAGGAGAAGATACCGGAATTTGTATTATTGATTCGACTAAATTGGTCGTTTGCCATAATCTTAGAATTAAAAGACATCGTGTATTTAAAGGCTTAGCTG
GTCGTGGTAAAAGTAGCACAGGTTGGTTTTATGGATTTAAAGTCCATATTGTTATCAACAACTTGGGTGAAATTATTAATCTCAAGATTACATCGGGAAG
TGTTCATGATGTTGCTGTACTTGAATCTTTAACCCAAGAGTTAAAAGGTATTTTACTGGGCGATAAAGGCTATCTGAGTAAAGCAAAAACTGAAGCTTTA
GCAGCAAGGGGGCTCAGACTATTAACCCCGTCACGCAAGAATATGAAAAATAAACCCATCCAAACTGAAGAAGAAAAACAATTGCTTTGCAGAAGAGGAT
TGATCGAAACAGTGAATGATCAGTTAAAAAACTTACATCAAATTGACCATTCACGTCATCGTTCGGTGAATAACTTTATGGTGAATATTATGGCTGCTAT
AGTGGCTTATTGCTTAAATCCAAATAAGCCAACTTTCCAAAACTTGCTAAAAAGCTAAAATATTTCATCGAACTCAGGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
864 bp | 287 aa | 95 | 958 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDYITELFCILDDFCKKFNESLEKALISDQKTTMKKSALSLSEVMTIVILFHKSGFRFFKYFYCHMIIPFWKSAFPKLLSYNRFIEIMPRCLQALSSFFH
QVKGEDTGICIIDSTKLVVCHNLRIKRHRVFKGLAGRGKSSTGWFYGFKVHIVINNLGEIINLKITSGSVHDVAVLESLTQELKGILLGDKGYLSKAKTE
ALAARGLRLLTPSRKNMKNKPIQTEEEKQLLCRRGLIETVNDQLKNLHQIDHSRHRSVNNFMVNIMAAIVAYCLNPNKPTFQNLLKS
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Blast result :
Comments
ISAlw20 is 70% aa similar to ISNeu1.
References
1] Janos Kiss (2019) Direct submission.
2] Alexandra Veress, Tibor Nagy, Tímea Wilk, János Kömüves, Ferenc Olasz & János Kiss. (2020) Sci Rep 10, 2969.
2] Alexandra Veress, Tibor Nagy, Tímea Wilk, János Kömüves, Ferenc Olasz & János Kiss. (2020) Sci Rep 10, 2969.