| Origin | Code | Comment | Supplementary Taxo |
|---|
| Caballeronia udeis | ISCud | | |
| Caedibacter sp. | ISCaesp | | |
| Caedibacter taeniospiralis | ISCta | | |
| Caenispirillum salinarum | ISCasa | | |
| Caldibacillus thermoamylovorans | ISCath | | |
| Caldicellulosiruptor bescii | ISCbe | | |
| Caldicellulosiruptor hydrothermalis | ISCahy | | |
| Caldicellulosiruptor kristjanssonii | ISCkr | | |
| Caldicellulosiruptor kronotskyensis | ISCakr | | |
| Caldicellulosiruptor lactoaceticus | ISCla | | |
| Caldicellulosiruptor obsidiansis | ISCob | | |
| Caldicellulosiruptor owensensis | ISCow | | |
| Caldicellulosiruptor saccharolyticus | ISCsa | | |
| Calditerrivibrio nitroreducens | ISCni | | |
| Caldithrix sp. | ISCalsp | | |
| Caloranaerobacter azorensis | ISCaz | | |
| Calothrix sp. | ISCasp | | |
| Campylobacter coli | ISCco | | |
| Campylobacter fetus | ISCfe | | |
| Campylobacter gracilis | ISCagr | | |
| Campylobacter hyointestinalis | ISChh | | |
| Campylobacter iguaniorum | ISCig | | |
| Campylobacter jejuni | ISCaje | | |
| Campylobacter sp. | ISCamsp | | |
| Candidatus Accumulibacter phosphatis | ISCap | | |
| Candidatus Amoebophilus asiaticus | ISCaa | | |
| Candidatus Cardinium hertigii | ISCca | | |
| Candidatus Desulforudis audaxviator | ISCde | | |
| Candidatus Hamiltonella defensa | ISHde | | |
| Candidatus Kuenenia stuttgartiensis | ISCku | | |
| Candidatus Odyssella thessalonicensis | ISCot | | |
| Candidatus Phytoplasma asteris | ISPas | | |
| Candidatus Poribacteria sp. | ISCpo | | |
| Candidatus Protochlamydia amoebophila | ISCpr | | |
| Capnocytophaga haemolytica | ISCaha | | |
| Capnocytophaga ochraceus | ISCoc | | |
| Carboxydothermus hydrogenoformans | ISChy | | |
| Carnobacterium alterfunditum | ISCaal | | |
| Castellaniella defragrans | ISCade | | |
| Catenulispora acidiphila | ISCaac | | |
| Caulobacter crescentus | ISCc | Predefined common nomenclature | |
| Caulobacter sp. | ISCausp | | |
| Caulobacterales bacterium | ISCaba | | |
| Cellulophaga algicola | ISCal | | |
| Cellvibrio japonicus | ISCja | | |
| Cenibacterium arsenoxydans | ISCar | | |
| Cereibacter changlensis | ISCech | | |
| Chitinophagia bacterium | ISCiba | | |
| Chlorobium chlorochromatii | ISCch | | |
| Chlorobium phaeobacteroides | ISCph | | |
| Chlorobium tepidum | ISChte | | |
| Chloroflexi bacterium | ISChba | | |
| Chloroflexus aggregans | ISCha | | |
| Chloroflexus auranticacus | ISChau | | |
| Chloroflexus sp. | ISChsp | | |
| Chloroherpeton thalassium | ISChth | | |
| Chondromyces crocatus | ISChcr | | |
| Chromobacterium piscinae | ISCpi | | |
| Chromohalobacter japonicus | ISChja | | |
| Chryseobacterium greenlandense | ISCgr | | |
| Chryseobacterium piperi | ISChpi | | |
| Chryseobacterium sp. | ISCrsp | | |
| Chthoniobacter flavus | ISCfl | | |
| Citrobacter freundii | ISCfr | | |
| Citrobacter rodentium | ISCro | | |
| Clavibacter michiganensis | ISCmi | | |
| Clavibacter xyli | ISCxy | | |
| Cloacibacillus evryensis | ISCev | | |
| Clostridiales bacterium | ISClba | | |
| Clostridioides difficile | ISCld | | |
| Clostridium acetobutylicum | ISCac | | |
| Clostridium bartlettii | ISCba | | |
| Clostridium beijerinckii | ISCb | | |
| Clostridium bolteae | ISClbo | | |
| Clostridium botulinum | ISCbo | | |
| Clostridium butyricum | ISClbu | | |
| Clostridium cellulolyticum | ISCce | | |
| Clostridium cellulovorans | ISClce | | |
| Clostridium clariflavum | ISCcl | | |
| Clostridium difficile | ISCdi | | |
| Clostridium disporicum | ISCldi | | |
| Clostridium hylemonae | ISClhy | | |
| Clostridium ljungdahlii | ISClj | | |
| Clostridium neonatale | ISCne | | |
| Clostridium novyi | ISCno | | |
| Clostridium perfringens | ISCpe | | |
| Clostridium phytofermentans | ISClph | | |
| Clostridium putrefaciens | ISCpu | | |
| Clostridium scindens | ISCsc | | |
| Clostridium sp. | ISClsp | | |
| Clostridium tagluense | ISClta | | |
| Clostridium tetani | ISClte | | |
| Clostridium tetanomorphum | ISCtet | | |
| Clostridium thermocellum | ISCth | | |
| Clostridium ultunense | ISCul | | |
| Clostridium vitabionis | ISCvi | | |
| Colwellia psychrerythraea | ISCps | | |
| Colwellia sp. | ISCosp | | |
| Comamonadaceae bacterium | ISCoba | | |
| Comamonas aquatica | ISCaq | | |
| Comamonas jiangduensis | ISCji | | |
| Comamonas sp | ISCsp | | |
| Comamonas testosteroni | ISCte | | |
| Coprobacillus sp. | ISCpsp | | |
| Corallococcus coralloides | ISCoco | | |
| Corynebacterium ammoniagenes | ISCoam | | |
| Corynebacterium amycolatum | ISCam | | |
| Corynebacterium aurimucosum | ISCau | | |
| Corynebacterium coyleae | ISCcoy | | |
| Corynebacterium diphtheriae | ISCod | | |
| Corynebacterium efficiens | ISCef | | |
| Corynebacterium genitalium | ISCge | | |
| Corynebacterium glutamicum | ISCgl | | |
| Corynebacterium jeikeium | ISCje | | |
| Corynebacterium lipophiloflavum | ISCli | | |
| Corynebacterium pyruviciproducens | ISCpy | | |
| Corynebacterium resistens | ISCre | | |
| Corynebacterium striatum | ISCost | | |
| Corynebacterium urealyticum | ISCur | | |
| Corynebacterium xerosis | ISCxe | | |
| Coxiella burnetii | ISCbu | | |
| Crinalium epipsammum | ISCep | | |
| Croceitalea dokdonensi | ISCdo | | |
| Crocosphaera watsonii | ISCwa | | |
| Cronobacter sakazakii | ISCrsa | | |
| Cryobacterium flavum | ISCrfl | | |
| Cupriavidus basilensis | ISCpba | | |
| Cupriavidus sp. | ISCusp | | |
| Cupriavidus taiwanensis | ISRta | | |
| Curtissbacteria bacterium | ISCuba | | Candidatus Curtissbacteria bacterium |
| Cyanophage Ma-LMM01 | ISvCya | | |
| Cyanothece sp. | ISCysp | | |
| Cycloclasticus zancles | ISCza | | |
| Cylindrospermopsis raciborskii | ISCra | | |
| Cylindrospermum stagnale | ISCst | | |
| Cystobacter fuscus | ISCfu | | |
| Cytobacillus sp. | ISCytsp | | |